1.晚期可因食管静脉曲张发生胃肠道出血，肝细胞癌的发生率为29%，这一恶性并发症仅出现在有肝硬化的病例中，与其他类肝硬化相比，本病发生肝癌者较多，这种肝癌常为多中心的结节状，而不是单一的大团块状，也没有大量的甲胎蛋白释放至血中，经皮行肝脏穿刺活检时，若为小点状肝癌，其结果可能为阴性。
2.心脏并发症可发生于数天内突然出现心力衰竭及(或)心律失常，因此有心脏受累证据者应作为急症来处理，嗜酒者更增加了发生心脏病的危险。
3.如果出现急性剧烈的腹痛，腹胀和休克常是并发细菌性腹膜炎，在本病是一种严重的致死性并发症。
4.除肝癌外，本病还可并发其他肿瘤以及发生第2肿瘤 多为晚期高龄患者，其他肿瘤包括膀胱癌，回肠癌，结肠癌，前列腺癌等，有报道清除多余的铁至少7年后才出现肿瘤。
5.糖尿病，关节病变亦是本病最常见的并发症，在发病过程中出现，应积极的给予早期治疗。