手足口病EV71病毒可以侵害神经系统，造成一系列的重症表现。出现神经性病毒反应。若患者体质较弱，可能导致呼吸循环系统衰竭。可能会发展得很快。刚开始的时候可以没什么反应，过两个小时以后很快识别，口吐粉红色唾液，说明已经水肿了。对儿童危害很大，容易造成呼吸循环系统衰竭。

手足口病表现在皮肤和口腔上，但病毒会侵犯心、脑、肾等重要器官。要加强对患者的临床监测，如出现高热、白细胞不明原因增高而查不出其他感染灶时，就要警惕暴发性心肌炎的发生。伴发无菌性脑膜炎时，其症状表现为发烧、头痛、颈部僵硬、呕吐、易烦燥、睡眠不安稳等;身体偶而可发现非特异性红丘疹，甚至点状出血点。合并有中枢神经系统症状的人，以2岁以内患儿多见。

极少病人可并发无菌性或病毒性脑膜炎，其症状是发热、头痛、颈直或背痛。其他常见的并发症还有：脑炎或脑膜炎、肺炎、肺水肿、驰张性麻痹、脊髓灰质炎样肢体瘫痪、过敏性紫癜等，多发生于发病后2-5 天。但以无菌性脑炎、心肌炎等最为常见。