深圳市中医院始建于1975年，医院占地面积约4万平方米，医疗用房面积8.5万平方米，设住院部和三个门诊部。下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心。医院于1995年成为深圳市唯一的一所三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2002年成为广州中医药大学临床医学院。

医院现有职工1400余人，卫生技术人员中，有正高级职称150余人，副高级职称近200余人；国家高级师带徒专家4人，广东省名中医7人，深圳市名中医17人，优秀中医10名。医院医疗设备总值超过2亿元，大型设备有MRI、螺旋CT机、MS人工肝支持系统等。现有国家级中医重点专科3个（肝病科、肾病科、针灸科），国家级中医重点专科建设单位3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省级中医名科4个；省级中医重点专科9个；深圳市医学重点学科3个；市级中医特色专病专科16个。

医院拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床实验基地（获认定8个专业）、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室。在研课题100余项，医院牵头承担“十一五”“十二五”科技重大专项各1项，国家自然科学基金科研课题13项、国家人事部留学人员回国资助课题1项；广东省自然科学基金科研课题9项，国家中医药管理局科研课题10项，广东省科技计划项目6项，获得国家省市科技进步奖20余项。

医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地，广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”，现有6位博士导师、50多位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。

在对外交流方面，医院先后与美国Thomas Jefferson 大学、德国Medical Park康复医院建立协作关系，与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系；医院有20多个专业学术团体挂靠医院成立。 医院非常重视加强中医药文化建设，树立"心中有爱，服务有情"的服务理念和"大医精诚，悬壶济世"的医德观，形成和谐的工作氛围，医院先后被授予“国家示范中医院”、“广东省示范中医院”、“广东省百家文明医院”、“广东省文明中医院”、“广东中医药强省项目中医名院”“全国中医医院中医药文化建设示范单位”及“全国卫生文化先进单位”等称号。