深圳市中医院始建于1975年，医院占地面积约4万平方米，医疗用房面积8.5万平方米，设住院部和两个门诊部。下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心。医院于1995年成为深圳市三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学深圳临床医学院。
医院现有职工1400余人，卫生技术人员中，有正高级职称150余人，副高级职称近190人；有享受国务院政府特殊津贴专家4人，市政府特殊津贴专家4人，国家高级师带徒专家4人，广东省名中医11人，深圳市名中医17人，优秀中医10名。拥有博士生导师8名，硕士生导师50余名。担任国家级学术团体主任委员1人，副主任委员9人，省级学术团体主任委员4人。医院医疗设备总值超过2亿元，大型设备有MRI、螺旋CT机、MS人工肝支持系统等。目前医院年门诊量260万余人次，开放床位700余张，年收治病人近2.5人次，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性中医医院。

医院重视中医内涵建设，已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫生部国家临床重点专科建设单位1个（肝病科）；国家中医药管理局重点学科建设项目2个（中医肝胆病学、中医肾病学）；国家级中医重点专科3个（肝病科、肾病科、针灸科），国家级中医重点专科建设单位3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省级中医名科4个；省级中医重点专科9个；省“十二五”中医重点专科建设项目3个；深圳市优势医学重点学科1个，深圳市医学重点学科3个；市级中医特色专病专科16个。
医院坚持“科教兴院”战略，拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床实验基地（获认定8个专业）、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室。在研课题100余项，医院牵头承担“十一五”“十二五”科技重大专项各1项，分中心课题5项；国家自然科学基金科研课题13项、国家人事部留学人员回国资助课题1项；广东省自然科学基金科研课题9项，国家中医药管理局科研课题10项，广东省科技计划项目6项，获得国家省市科技进步奖20余项。
医院先后成为广州中医药大学博士后科研流动站研究基地，广东省和深圳市“博士后创新实践基地”、“广东省联合培养研究生示范基地”，现有8位博士导师、50多位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。在对外交流方面，医院先后与美国Thomas Jefferson 大学、德国Medical Park康复医院建立协作关系，与香港中文大学中医学院、香港浸会大学中医学院、香港执业中医师学会、香港中医学会会立中医学院、香港国际针灸学院等建立了固定的教学协作及学术交流关系；医院有20多个专业学术团体挂靠医院成立。
医院非常重视加强中医药文化建设，开展中医“固本强基”工程，培养铁杆中医，树立"心中有爱，服务有情"的服务理念和"大医精诚，悬壶济世"的医德观，形成和谐的工作氛围，医院先后被授予“国家示范中医院”、“广东省示范中医院”、“广东省百家文明医院”、“广东省文明中医院”、“广东中医药强省项目中医名院”“全国中医医院中医药文化建设示范单位”及“全国卫生文化先进单位”等称号。多次在广东省省情调查中心组织的医院满意度和医德医风测评中名列前茅，被媒体誉为“医德医风好，医疗质量高，医疗费用相对低廉，是市民信得过医院”。