复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院儿科和中山医院儿科合并而成，原名上海第一医学院附属儿科医院，首任院长为国家儿科学一级教授陈翠贞。建院初期，以肇家浜路西门妇孺医院分院旧址为院址，1954年枫林路183号新医院启用。2000年4月原上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学附属儿科医院。

医院设施优良，人才云集，是集医教研防为一体的综合性儿童专科医院，系卫生部部属“三级甲等”医院，是全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学(儿科学组)博士后流动站的单位。

目前是中华医学会儿科分会前任主任委员单位;上海医学会儿科学会主任委员、上海医学会小儿外科学会候任主任委员单位。是卫生部和上海市儿科专科医师及住院医师规范化培训基地;上海市儿科质控中心依托单位。已连续六次蝉联上海市文明单位。2010年获第三届全国医院卫生文化建设先进单位。2012年获卫生部思研会卫生文化建设先进单位。