南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院），是卫生部首批三级甲等综合性医院。南京医科大学第三临床医学院、南京市心血管病医院、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构、卫生部冠脉介入培训基地、卫生部内镜诊疗技术培训基地、江苏省心血管药物临床试验服务中心、江苏省冠心病诊疗中心、江苏省全科医师培训基地、江苏省住院医师规范化培训基地、南京市糖尿病防治中心、南京临床核医学中心、南京红十字眼库等均设在该院。2002年11月通过英国BSI太平洋公司医院ISO9001质量管理体系认证。医院创建于1936年2月，现有开放床位1500张。

2011年诊疗总次数146.5万人次，出院病人4.7万人次。全院在职职工2117人,包括教授、副教授在内的高级卫技人员280人。科室设置完善，有国家级医学重点学科1个，国家级临床重点专科1个，省级医学重点学科2个，南京医科大学重点学科2个，省级临床重点专科13个，市级临床重点专科19个，硕、博士培养点37个，国家级博士后科研工作站1个。医疗设备先进,拥有百万元以上设备58台，包括：国际先进的直线加速器系统、SPECT/CT、同位素单光子发射计算机断层扫描仪(ECT)、全数字平板式心血管造影机(DSA)、先进的双源CT、多层面螺旋CT、1.5T和3.0T磁共振断层扫描仪、数字化X线成像系统(DR)、高能超声聚焦治疗机、介入放射造影仪(DCI)和多套重症监护系统等。

2005年起联合南京市、苏北及安徽地区17家二级医院成立“南京市第一医院集团”；在江苏、安徽、湖北等省各大中型医院建立心脏病、糖尿病、骨科、普外科、康复科、眼科、介入和妇产科等诊疗分中心68个，输出优势医疗技术。医院先后被卫生部授予“全国医药卫生系统先进集体”、“江苏省卫生系统创先争优先进单位”等称号。